Ursache suchen:
Ich habe ein solches Problem schon mal gehabt: Bei mir war es der Windows Media Player, bzw. dessen Dienst, der Musik indiziert und irgendwie für Streaming vorbereitet. Wenn ich beides geschlossen hatte (der Dienst öffnet sich automatisch wieder, auch wenn man ihn via Task-Manager killt) war Ruhe, sowohl auf meinen HDDs als auch auf der SSD.
Du kannst prüfen, welche Prozesse Lese- und Schreibzeit auf Deinen Festplatten nehmen.
Dazu startest Du den Task-Manager und wechselst auf den Reiter "Leistung". Dort gibt es unten einen Button, auf dem "Ressourcenmonitor" steht. Klickst Du da drauf, geht ein neues Fenster auf, in dem man auf den Reiter klicken kann. Dort sieht man dann fein aufgelistet, welche Prozesse auf die Datenträger zugreifen. Wenn da Programme überdimensional mehr zugreifen, als zum Beispiel die SVCHOST.exe, dann sind das die Übeltäter.
Ansonsten: Wie genau sind denn Deine Messwerte mit HD Tune auf den einzelnen Platten?