also im laufenden win betrieb, kannst du an der System partition eh nichts machen, da win da drauf arbeitet, das könntest du machen z.b. mit ERD Commander machen und dort einfach die geräte konfig oder so ähnlich.
deine windows Partition muss auf jedenfall eine Primärepartition sein, und zusätzlich muss sie als aktiv markiert werden (marke für die boot partition falls mehrere primäre da sind)
den restliche speicherplatz kannst du als weitere primäre machen oder als erweiterte auf der du dann wieder logische laufwerke erstellst. das ist einfach dir überlassen.
Ob du Fat32 oder NTFS nutzt ist egal. der vorteil von ntfs ist allerdings die höhere sicherheit, dort kannst du noch einige zusätzliche einstellungen für zugriffsrechte etc vergeben. hängt dann eigentlich mehr davon ab ob du das wirklich brauchst. des weiteren ist dort die dateiverwaltung etwas besser als bei fat32.
Fazit: Nimm NTFS (geschwindigkeitsvorteile gibs keine), standartmäßig ist beim notebook fat32 drauf, das aber auch nur aus kompatibilätsgründen zu anderen anwendungen.