Wenn Du die Platten eh schon getauscht hast, würde ich die HDD drin lassen. Ich vermute mal, dass das Notebook damit auch nicht startet ;)
Falls zum Beispiel das Notebook komplett getauscht werden würde, wäre es für MSI sicherlich einfacher, wenn da nur die werkseitigen Komponenten verbaut sind. Ansonsten im RMA Schein alles eintragen, was Du mitlieferst - ansonsten wandert das eventuell in den Müll!