Von der Geschwindigkeit her nehmen sich die beiden nicht viel. Ich würde auf USB setzten da es viel verbreiteter ist. Zur CPU Belastung weiss ich leider nix, kann mir aber auch nur schlecht vorstellen dass es einen grossen Unterschied im Alltagsgebrauch macht, wirst ja wohl nicht permanent auf Daten von einer mobilen Festplatte zugreifen wollen?

was würdet ihr favoritisieren?

Laut einigen Onlinetests beanspruchen FW Platten die CPU wesentlich weniger, auch wenn USB2 kompatibler ist weil FW nicht jeder hat. Ausserdem hat zumindest auf dem Papier USB2 höhere Durchsatzraten.