da beides normale SATA-slots sind, sollte es keinen unterschied machen, wo du die SSD einbaust. du musst nur beachten, dass ja auf einer der HDDs die recovery-partition liegt. wenn du aber eh alle laufwerke komplett neu machen willst, dann ist es vollkommen egal.
was deine SSD angeht: die sollte eigentlich ohne weiteres zutun einbaubar sein. kabel gibt es ja (nur die HDD abziehen, rausnehmen und dann die SSD wieder ein, evtl. benötigst du noch einen kleinen kreuzschlitz-schraubendreher, sonderwerkzeug wird es aber nicht sein.